Jan sa narodil v roku 1851 ako 2. dieťa rodičov Josef Masaryk (25.02.1823 - 25.09.1907) a Terezie Masaryková (04.08.1813 - 22.04.1887).
Zomrel v roku 1851.
Mladší súrodenci: Tomáš Garrigue Masaryk (07.03.1850 - 14.09.1937), Martin (1852 - 1873), Ludvík Masaryk (1854 - 1912), Františka Masaryková (1858 - 1858).
Dospelosti sa dožili iba: Tomáš, Martin a Ludvík